We wrześniu 2020r. Stowarzyszenie Willa Decjusza zostało wyróżnione tytułem „Przyjaciela Wyszehradu” nadanego przez Fundusz Wyszehradzki. Nagroda została przyznana w uznaniu za trwały wkład w rozwój dobrych stosunków w regionie wyszehradzkim i między jego mieszkańcami oraz wsparcie w konkursie fotograficznym V4 2020.
30 września 2020 roku Stowarzyszenie Willa Decjusza zostało wyróżnione w 31. edycji nagrody Medal Europejski, organizowanej przez Business Centre Club, pod honorowym patronatem Europejskiego Komitetu Ekonomiczno-Społecznego w Brukseli. Medal Europejski jest niekomercyjnym, ogólnopolskim przedsięwzięciem promującym ideę Unii Europejskiej w środowisku przedsiębiorców. Wyróżniane w nim są organizacje podejmujące działania zgodne z najlepszymi europejskimi standardami.
31 maja 2012 w Pradze podczas inauguracji Polskiej Prezydencji w Grupie Wyszehradzkiej wręczona zostanie Międzynarodowa Nagroda Wyszehradzka. To najbardziej prestiżowe w Europie Środkowej wyróżnienie, ustanowione zostało przez ministrów kultury Polski, Czech, Słowacji i Węgier w 2004 roku i przyznawane jest corocznie zasłużonym osobom i instytucjom za ich działania na rzecz rozwoju współpracy kulturalnej krajów Grupy Wyszehradzkiej. Tegorocznym Laureatem Nagrody zostało krakowskie Stowarzyszenie Willa Decjusza, którego flagowe programy skupiają się na współpracy krajów V4. Najważniejszym wśród nich jest realizowana od 11 lat Letnia Szkoła Wyszehradzka, ciesząca się niesłabnącą popularnością i szacunkiem, jako międzynarodowa platforma studiów nieformalnych oraz miejsce kreacji nowych inicjatyw makroregionalnych. Więcej >
Podczas święta Dzielnicy VII Miasta Krakowa w czerwcu 2006 roku Stowarzyszenie Willa Decjusza uhonorowane zostało tytułem „Zasłużony dla Dzielnicy VII” za inicjatywę i przyczynianie się do rozwoju kultury w Dzielnicy i w Krakowie. Statuetkę Lajkonika na ręce Danuty Glondys – dyrektora Stowarzyszenia wręczył przewodniczący rady dzielnicy dr Piotr Chechelski.
Kolejne wyróżnienie, jakie otrzymała Dyrektor Danuta Glondys w 2005 roku to Srebrny Medal Ministra Spraw Zagranicznych Republiki Słowacji Eduarda Kukana w uznaniu za szczególne zaangażowanie we wzmacnianiu współpracy słowacko – polskiej w nowych warunkach jednoczącej się Europy.
7 września 2005 roku szef polskiej dyplomacji Adam Daniel Rotfeld wręczył Stowarzyszeniu Willa Decjusza Dyplom Ministra Spraw Zagranicznych za wybitne zasługi dla promocji Polski w świecie w 2004 roku. Dyplomy są wyróżnieniem honorowym przyznawanym rokrocznie (od 1970 roku).Wśród laureatów dyplomów, Stowarzyszenie znalazło się wśród zespołu Myslovitz, Jurka Owsiaka i Marka Kamińskiego.
W maju 2005 roku, Danuta Glondys – Dyrektor Willi Decjusza – otrzymała z rąk Borysa Tarasiuka, Ministra Spraw Zagranicznych Ukrainy Odznaczenie Honorowe – najwyższe ukraińskie wyróżnienie dla cudzoziemców za wytrwałe dążenia do wzmacniania przyjaznych relacji między Polską i Ukrainą.
11 listopada 2004, w czasie obchodów Święta Niepodległości, Stowarzyszenie Willa Decjusza otrzymało pierwszą nagrodę w Konkursie Pro Publico Bono w kategorii najlepsza inicjatywa z zakresu kontaktów międzynarodowych i międzyetnicznych ze szczególnym uwzględnieniem działań na rzecz integracji Polski z Unią Europejską.
Kapituła Konkursu doceniła przedsięwzięcia Stowarzyszenia na rzecz dialogu społecznego, integracji europejskiej, mniejszości narodowych i kształtowaniu postaw tolerancji, m.in. cykl seminariów Mniejszości na co dzień , publikację Tolerancja – jak uczyć siebie i innych , program edukacyjny dla młodzieży – Moja Europa.
Nagrodę odebrał prof. Jacek Woźniakowski, który poproszony o zabranie głosu w imieniu wszystkich laureatów, podziękował za te prestiżowe wyróżnienia i powołując się na słowa Prymasa Stefana Wyszyńskiego podkreślił konieczność przywrócenia Polakom ich godności, czemu służyć mogą mądre inicjatywy podejmowane przez organizacje pozarządowe.
Nagrody w konkursie rozdano po raz szósty, pomysłodawcami konkursu na najlepsze i najciekawsze inicjatywy obywatelskie są m.in. Jan Nowak Jeziorański i prof. Jerzy Buzek. Fundatorem nagród jest Polsko-Amerykańska Fundacja Wolności.